Die Franziskaner kamen durch die Tätigkeit des heiligen Johannes Kapistran, der auch in St. Pölten predigte, in die Stadt an der Traisen. Um 1450 erhielten sie die Maximilianskapelle an der Wienerstraße und ein Grundstück zur Errichtung eines Klosters. 1507 wurde die Klosterkirche geweiht und um 1645 ein frühbarocker Neubau des Klosters errichtet.

1785 drohte auch dem Franziskanerkloster die Aufhebung, doch Bischof Kerens wollte die Minderbrüder in seiner Bischofsstadt behalten. So errichtete er an der Kirche des aufgehobenen Karmeliterklosters am Rathausplatz eine zweite Stadtpfarre und übertrug deren Betreuung den Franziskanern, die nun ins ehemalige Karmeliterkloster übersiedelten, während das Kloster an der Wienerstraße zum Priesterseminar wurde.

Kirche und Kloster wurden 1757–1779 als Kloster der Karmeliter erbaut. Diese kamen 1709 nach St. Pölten, um die Karmelitinnen in dem von Gräfin Montecuccoli gegründeten Kloster (heute Stadtmuseum) zu betreuen. Von wem die Pläne für diese Bauten stammen, ist leider nicht bekannt. 1895 erhielt der Turm sein heutiges Aussehen mit neubarocker Zwiebelhaube und Laterne. (Quelle: www.franziskaner.at)

Der Franziskanerpfarre zur Allerheiligsten Dreifaltigkeit, die im Herzen von Niederösterreichs Landeshauptstadt St. Pölten direkt am Rathausplatz liegt, gehören auch sieben Landgemeinden mit insgesamt etwa 2.870 Gläubigen (Waitzendorf, Witzendorf, Mooshöfe, Hafing, Pummersdorf, Schwadorf und Nadelbach). Unsere Kirche gehört zu den schönsten spätbarocken Bauten der Stadt und im Land. Die Seitenaltarbilder stammen vom Maler Martin Johann Schmidt, auch genannt der Kremser Schmidt. Eine Besonderheit bildet die Statue der "Friedensmadonna", die im ersten Weltkrieg von zwei österreichischen Soldaten unversehrt aus der komplett zerstörten Kirche bei Görz gerettet wurde. Die Marienstatue blieb auch bei einem späteren Granatenbeschuss unversehrt, so auch die Soldaten des St. Pöltners 21. Schützenregiments, die unter ihrem Schutz standen. Zum Dank dafür, wurde sie in die Franziskanerkirche gebracht.

Nennenswert ist auch die Kopie der Gnadenstatue von Loretto in Italien in der von ihr genannten Lorettokapelle (frühere Sakristei). Diese Statue war seit 1741 auf dem Hochaltar der alten Franziskanerkirche an der Wienerstraße gestanden.  

  (Die Franziskanerkirche am Rathausplatz, vor 1895)

   (Die Friedensmadonna)